南方澳的城隍廟位於內埤漁港（第二漁港）的西側山下，規模雖然不大，歷史淵源在當地卻可算是老前輩。原來城隍廟的前身叫作「大眾爺廟」，在南方澳尚未建港之前，內埤一帶是個低窪的水澤地，週遭長滿麻竹叢，附近早有漢人十來戶居住，其中有一位黃椪毛者於墾田時在麻竹叢下發現一些骸骨，於是將其收集山邊並建一小屋安置，按漢人習俗，這種所在都叫「大眾爺廟」。八十二年前（1921）日本人開始開闢南方澳第一漁港，引進的日本移民在這小廟旁邊另外安置了一尊露天的石刻觀音像。

開闢第一漁港時，在港域範圍內挖出不少平埔族原住民的骸骨，當時將其安置於蘇澳區漁會的漁市場旁。到了民國四十四年，湧入南方澳的移民漸多，船席漸感不足，居住馬賽「猴猴仔」的議員劉傳旺便向省政府爭取闢建內埤的第二漁港，起初省政府並未答應，後來是以「國防避難港」的名義才通過的，因為當時國民政府才從大陸撤退不久，凡事以國防為重，只要冠上「國防需要」四字，都能無往不利。開闢第二漁港時，又從內埤港域範圍內挖出另一批先人骸骨，於是二者合併重新在內埤「大眾爺廟」的原址修建了一間較大的房子安置，而那尊日本觀音依然豎立一旁餐風露宿。據地方耆老說，後來有一個叫作「陳阿來」的船東在觀音面前許願，如果烏魚滿載便為祂加蓋屋頂，結果那年捕烏魚果然豐收，後來「陳阿來」為那尊日本觀音加蓋了一個小亭子，直到後來新廟落成後，才把這尊觀音石像安置於廟內大殿的左側。而這尊觀音正是日本留在宜蘭三十三尊觀音之首，來自日本紀伊縣「青岸渡寺」的「如意輪觀音」。

到了民國八十年代年，大眾爺廟因年久失修，漏水嚴重，地方有心人士於是組成委員會，由主委林溪成主導重建，民國八十一年的九月開工，到民國八十三年年初新廟落成，骸骨重新裝置了約有十五大桶（據重建委員之一的陳連福說，數量約有一、二千人之多）安放於新廟後方的山洞中。八十三年的國曆元月十日邀請當時的縣長游錫主持晉殿安座大典，同時將「大眾爺廟」正式敕封為「城隍爺廟」。有趣的是「城隍爺」位階等同古代的「縣太爺」，這使得這場敕封變成「現代縣長」敕封「古代縣太爺」位階錯亂的局面。不過後來游錫縣長下任後，官場平步青雲，能做到行政院院長，據地方耆老傳說，這是南方澳「城隍爺」的傑作，為得是讓游錫官階高昇後，使得之前的「敕封」能顯得名正言順而且有面子。如果你認為這是無稽之談，那麼請看看「陳定南」部長的列子，陳定南在宜蘭縣長下任後也是官場得意步步高升，原來他在縣長任內也曾將蘇澳聖湖里的大眾爺廟敕封為「城隍爺廟」呢！現今的城隍廟除了每年農曆的二月八日城隍千秋日及配合南方澳各大廟宇的節慶外，很少主導地方的活動。

另外在內埤沙灘南安國中的校園內山邊，尚有一間稱為「大眾爺廟」的小廟，這是民國六十三年隨著北方澳移民從北方澳遷建於此的。目前由「北濱二村」的少數居民就近供奉整理外，因地點較偏僻又位於校園內，平時少有民眾到此。