南方澳唯一的基督教長老教會的教堂聳立在第一漁港北岸，五層挑高的建築在十幾座中式佛、道寺廟環視下，顯得十分獨特醒目。目前教會的信徒在南方澳地區屬於少數族群，約只四十戶人家，一百多位信徒。但和南方澳其他佛、道教不太一樣的，基督教是以整個家庭為信仰單位，也就是說一人信仰基督教，全家便都是基督教徒。信徒間的互動是以整個家庭為背景單位的，因此，南方澳的基督教信徒，不論是個人對個人，或是家庭對家庭，互相間的親密與團結，是其他宗教信徒無法相提並論的。

如今的教會都緣起於一位林王椪女士，林女士本姓王，在基隆當老師，後來嫁到南方澳，並為人繼母，她是位虔誠的基督徒，從她開始引領著新家族成員，接受基督的洗禮，南方澳在日據時代並無基督教教會，林女士每逢主日便率領家人到蘇澳的教會參加禮拜（當時位於蘇澳冷泉旁）。歷經一段時日，信徒漸增，林王椪女士的繼子林泳泉先生當家之後，認為如此甚不方便，於是於1954年的8月提供當時開設米店的自宅（今漁港路93號）作為教友的聚會場所，並由陳耀宗牧師和曹添旺傳道師兼任輪流主理。1955年的4月10日林泳泉先生再將位於南安路192號的土地（現在新禮拜堂的正後面）自建房屋，提供一間作禮拜堂用，並舉行南方澳教會的開設典禮，這是南方澳基督教會的肇始。

1955年至1964年間，歷經劉德和，金秋能，郭明利，盧文惠等傳道師牧會。1964年至1966年間，因無專任傳教者牧會，每逢主日，信徒們只得暫時又到蘇澳的教會作禮拜。1966年間經教友林廷麟先生的努力，教會終於購得位於南成里民生路43號的一間平房，簡單修建後，於1966年的12月1日成為新的聚會場所。1973年的5月為了服務地方而增設「南方澳幼稚園」。1976辭10月11日林正雄教師被封為牧師，同時也成為南方澳教會第一任的牧師。1985年的9月8日林泳泉先生及其公子林豐仁先生因舉家遷居，把名下座落於南方澳漁港路92、93號兩棟四層樓房全部捐獻給南方澳教會。這兩棟建築位於南方澳的黃金地段，價值不凡，無私的奉獻，可見南方澳教會在當地基督教信徒心目中的分量和教友們對於教會的向心力。1988年的2月14日南方澳教會設立了「漁民服務中心」為社區漁民遭受災難等問題，提供服務。1991年的9月8日陳清白先生就任南方澳教會第二任牧師，到1996年的8月28日離任。

陳牧師離任後，南方澳教會雖群龍無首，但是多年經營的結果，教友們反而更形團結合作，同心協力出資整建兩棟樓房，將其合併成為新的禮拜堂。南方澳的教友人數雖然不多，八百多萬的裝修費用卻全由教友們捐獻而來，教友對教會的奉獻之心絕不輸給其他宗教的信徒。新的禮拜堂完成後於1997年的9月28日舉行獻堂儀式，第三任的陳儀照牧師也同時就任。1999年的10月24日，陳牧師離任，2000年的8月1日，60歲的王義雄牧師到任，成為南方澳第四任的牧師至今。王牧師是個很仔細的人，到任後除積極經營教務外，也收集整理整個教會的發展沿革史，讓南方澳基督教長老教會的發展脈絡得以清清楚楚。

大體上來說，南方澳基督教會的教友們至今進出的變化不大，而且都歷時長久，教友們在一起就像一個家庭的成員一樣，牧師正是這個家庭的大家長，教友們對教會的向心力雖強，但是並不影響他們在社會上與其他宗教信徒的和睦相處，除非到教會，否則你是無法從一般社會生活看出誰是教會教友的。